一、什么情形行政案件由上级公安机关指定管辖

1、行政案件指定管辖的情形如下：

(1)对管辖权发生争议的，报请共同的上级公安机关指定管辖。

(2)对于重大、复杂的案件，上级公安机关可以直接办理或者指定管辖。

(3)上级公安机关直接办理或者指定管辖的，应当书面通知被指定管辖的公安机关和其他有关的公安机关。

(4)原受理案件的公安机关自收到上级公安机关书面通知之日起不再行使管辖权，并立即将案卷材料移送被指定管辖的公安机关或者办理的上级公安机关，及时书面通知当事人。

2、法律依据：《公安机关办理行政案件程序规定》第十五条

二、行政诉讼管辖的规定有哪些

1、行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。

2、经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。

3、对限制人身自由的行政强制措施不服提起的诉讼，由被告所在地或者原告所在地人民法院管辖。

4、因不动产提起的行政诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。

5、两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼。原告向两个以上有管辖权的人民法院提起诉讼的，由最先立案的人民法院管辖。

6、移送管辖人民法院发现受理的案件不属于本院管辖的，应当移送有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件按照规定不属于本院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。