保护小股东权益的方式有：

1、股东行使查阅、复制权，可以要求查阅公司会计账簿，了解公司生产经营情况；

2、董事、高级管理人员违反章程或法律规定，给公司造成损失的，股东可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事向人民法院提起诉讼；

3、异议反对股东可以行使股权收买请求权。

一、监事会有哪些职权？

监事会、不设监事会的公司的监事行使下列职权：

（一）检查公司财务；

（二）对董事、高级管理人员执行公司职务的行为进行监督，对违反法律、行政法规、公司章程或者股东会决议的董事、高级管理人员提出罢免的建议；

（三）当董事、高级管理人员的行为损害公司的利益时，要求董事、高级管理人员予以纠正；

（四）提议召开临时股东会会议，在董事会不履行本法规定的召集和主持股东会会议职责时召集和主持股东会会议；

（五）向股东会会议提出提案；

（六）依照本法第一百五十一条的规定，对董事、高级管理人员提起诉讼；

（七）公司章程规定的其他职权。

（八）监事可以列席董事会会议，并对董事会决议事项提出质询或者建议。

（九）监事会、不设监事会的公司的监事发现公司经营情况异常，可以进行调查；必要时，可以聘请会计师事务所等协助其工作，费用由公司承担。

二、股东直接诉讼有哪些

股东直接诉讼包括：

1、撤销决议。股东大会、股东大会、董事会召集程序、表决方式违法、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起作出60日内，请求人民法院撤销；

2、不能行使查阅权的诉讼。股东可以要求查阅公司的会计账簿。公司拒绝查阅的，股东可以请求人民法院查阅；

3、异议股东股份回购请求权。股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东大会决议通过之日起90日内向人民法院提起诉讼；

4、损害赔偿。董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程，损害股东利益的，股东可以向人民法院提起诉讼；

5、解散公司。公司经营管理存在严重困难，继续存在会给股东利益造成重大损失的，持有公司全体股东的表决权10％上述股东可以请求人民法院解散公司。

三、公司股东的三大基本权利

1、知情权。中小股东要想维护自己的合法权益，首先应当对公司的情况有充分的了解。根据《公司法》第33条的规定，公司股东享有查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告的权利，这也是股东全面了解公司情况的首选方法。股东的这些权利是法定的，公司不能拒绝。2、依法行使召集和主持股东会会议的权利。3、依法转让股权的权利。根据《公司法》第71的规定，股东依法享有转让自己所持股权的权利，依法行使转让权也是股东保护自己合法权益的一种方式。