A公司2002年5月与B企业签订了一份财产租赁合同，将A公司一厂房出租给B企业使用，合同中明确租金为：20万元/年，按合同约定承租企业每年支付租金给A公司。而A公司对出租部分的房产计算缴纳房产税时与其他房产一样，按照房产的计税余值适用12％的税率计算缴纳。

根据《房产税暂行条例》第三条第一款规定：房产税依照房产原值一次减除10％～30％后的余值计算缴纳。具体减除幅度，由省、自治区、直辖市人民政府规定。第三条第三款还明确规定：房产出租以房产租金收入为房产税的计税依据。

因此，出租房虽然在权属上仍归A公司所有，但该公司收取的租金要按规定计算缴纳房产税。A公司以房产的计税余值来计算缴纳房产税的做法是错误的。税务机关应依法对该公司作出了限期补缴少缴税款并加收滞纳金的处理。