检察机关认为证据不足，要将案卷返回公安机关补充证据，公安机关补充证据后再次把案卷呈报检察机关，待检察机关批准。公安机关不可以直接起诉。另外公安机关有对案件嫌疑人给予拘留、取保候审的权力，但要按照相关规定执行，不可以超期羁押。

对于经过补充侦查后，补充到一定证据的，如果，嫌疑人确实符合取保候审的条件而无逮捕必要的，可以不经报捕而直接起诉。对于存在串供、逃跑等有碍侦查、逃避审判或者存在社会危险性，不符合取保候审条件的，应该决定撤销取保候审，予以拘留报捕或者直接报捕。

二、检察院怎么审查证据材料？

1、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据；有关人员是否因生理上、心理上、认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述；侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。

2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。

3、从案件各种证据的“关联性”来审查：

首先对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实作过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。