自然人出租房屋可以申请代开增值税专用发票。

个人出租不动产，在国家税务局交纳增值税后，可到地方税务局申请代开增值税专用发票（国家税务总局税总函［2016］145号］：2016年5月1日起，国家税务局暂委托地方税务局代开）。个人除不动产租赁之外的其他业务，不得申请代开增值税专用发票。

相关法律知识

《国家税务总局关于印发税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）的通知》（国税发［2005］153号）第二条规定：“本办法所称代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。”同时，该文件第五条明确：“本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。”因此，如属于增值税纳税人的个体户发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。增值税应税行为是指从事货物的生产、批发或者零售的行为。如该私人老板未进行工商注册的，税务机关是不予代开专用发票。

个人出租房屋的收入要纳税吗？

个人出租房屋并取得收入，应依法纳税。根据《北京市个人出租房屋税收征收管理办法》的规定，税务机关可以委托各级政府的外来人口管理部门、区县房屋土地管理局、街道办事处，乡镇政府或经北京市地方税务局确认的其他具有代征税费能力的单位作为代征人，负责出租房屋税款的征收。

应缴税费各地均有所不同。此处以北京为例，出租人应缴纳以下税费：营业税、城市维护建设税、教育费附加、房产税、城镇土地使用税、城市房地产税、印花税。现在除了个人所得税按照现行办法进行申报纳税以外，其余只需按实际收入的5％计征综合税费，就无需缴纳此外的其他税费了。

除了合同印花税，由双方各自承担50％以外，所有税费都应由出租人缴纳，而不可约定由承租人承担。