自然人出租房屋可以申请代开增值税专用发票。

个人出租不动产，在国家税务局交纳增值税后，可到地方税务局申请代开增值税专用发票(国家税务总局税总函[2016]145号]：2016年5月1日起，国家税务局暂委托地方税务局代开)。个人除不动产租赁之外的其他业务，不得申请代开增值税专用发票。

相关法律知识

《国家税务总局关于印发的通知》(国税发[2005]153号)第二条规定：“本办法所称代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。”同时，该文件第五条明确：“本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人(包括个体经营者)以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。”因此，如属于增值税纳税人的个体户发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。增值税应税行为是指从事货物的生产、批发或者零售的行为。如该私人老板未进行工商注册的，税务机关是不予代开专用发票。