合同违约金应当按照双方约定的金额进行支付。

根据《民法典》第五百八十五条第一、二款规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

一、购房合同违约金最高可以达到多少

购房合同违约金有最高上限，为实际损失的30%。约定的违约金低于造成的损失，当事人可以请求法院予以增加。约定的违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院适当减少。

根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第五百八十五条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

二、甲方扣除乙方违约金数额过高如何处理

甲方扣除乙方违约金数额过高,乙方可以向法院或者仲裁机构申请予以适当减少。根据《民法典》第五百八十五条第一、二款规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。