一、增值税由什么机关征收

1、销售商品或者服务的收入，增值税由税务机关征收。

2、进口货物的增值税，由海关代为征收。

3、法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十条

二、哪些专用发票不能抵扣进项

1、用于简易计税方法计税项目、免税、集体福利和个人消费的购进货物、服务发票不能抵。

2、纳税人购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。这些发票都是不允许抵扣增值税的。尤其注意纳税人向贷款方支付的与贷款相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等，即使取得增值税发票也不能抵扣。

3、非正常损失的不动产，及其所耗用的购进货物、设计和建筑服务。

4、非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。

5、农产品收购发票也有需要注意的：向批发零售商购买农产品，或者向农业生产者购买非自产农产品，不得开具收购发票，也就不能抵扣进项。而只有直接从事农业生产的单位和个人销售自产而且免税的农产品才可以抵扣，凭借收购发票按照买价和13%的扣除率计算进项税额。