结婚登记程序存在瑕疵，视下列不同情形分别处理：

1、如果因欠缺结婚实质要件而产生的婚姻登记瑕疵，由于其欠缺结婚的实质要件，可以根据实际情形由人民法院予以宣告无效或者撤销；

2、如果仅欠缺结婚登记的形式要件，一般不会影响婚姻登记的效力。比如，由于婚姻登记机关工作疏忽，将男女双方的姓名登记错误或登记日期记录错误等，或者，男女双方在非管辖户籍地进行婚姻登记，诸如此类情况一般不影响婚姻的效力。

结婚程序有瑕疵怎么办

结婚程序有瑕疵的处理方式是：如果是无效婚姻，在向法院起诉前还存在婚姻无效事由，应当向法院申请宣告婚姻无效。如果是可撤销婚姻，受胁迫的一方可以向人民法院请求撤销婚姻。被非法限制人身自由的当事人请求撤销婚姻的，应当自恢复人身自由之日起一年内提出。

《中华人民共和国民法典》

第一千零四十八条直系血亲或者三代以内的旁系血亲禁止结婚。

第一千零四十九条要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。

第一千零五十一条有下列情形之一的，婚姻无效：

（一）重婚；

（二）有禁止结婚的亲属关系；

（三）未到法定婚龄。

第一千零五十二条因胁迫结婚的，受胁迫的一方可以向人民法院请求撤销婚姻。

请求撤销婚姻的，应当自胁迫行为终止之日起一年内提出。

被非法限制人身自由的当事人请求撤销婚姻的，应当自恢复人身自由之日起一年内提出。