标的物提存损失有债权人承担。

债务人将标的物或者将标的物依法拍卖、变卖所得价款交付提存部门时，提存成立。提存成立的，视为债务人在其提存范围内已经交付标的物。因此如果标的物损失，当然是由债权人承担。但是如果是有关部门在提存时存在过失，也会承担相关责任。

《民法典》第五百七十一条

债务人将标的物或者将标的物依法拍卖、变卖所得价款交付提存部门时，提存成立。

提存成立的，视为债务人在其提存范围内已经交付标的物。