一、民法典中违反主合同内容的协议有效吗

民法典规定，双方签订的补充协议违反了主合同的内容，如果是当事人真实意思表示，当事人有民事行法能力，并且不违反法律强制性规定和公序良俗的，具有法律效力。

《中华人民共和国民法典》

第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：

(一)行为人具有相应的民事行为能力;

(二)意思表示真实;

(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

二、主合同和从合同不一致怎么样办

主合同与从合同不一致的，适用主合同的条款，可以依据主合同的条款对从合同的条款进行补正。

主合同：不以他种合同的存在为前提，不受其制约而能独立存在的合同。

根据两个或者多个合同相互间的主从关系为标准，可将合同分为主合同与从合同。主合同是无须以其他合同存在为前提即可独立存在的合同。这种合同具有独立性。从合同，又称附属合同，是以其他合同的存在为其存在前提的合同。保证合同、定金合同、质押合同等相对于提供担保的借款合同即为从合同。从合同的存在是以主合同的存在为前提的，故主合同的成立与效力直接影响到从合同的成立与效力。但是从合同的成立与效力不影响主合同的成立与效力。