1、施工合同明确约定合同的变更必须加盖公司印章，而不能是项目部的印章;

2、项目部印章应在公司留存印鉴，印章上刻制“无签约权”;

3、与主要材料建筑商进行定期对帐;

4、公司就项目的对外直接付款，要求项目承包人签字确认;

5、与发包人约定，工程款必须进入公司指定帐户。

相关法律知识：

《中华人民共和国建筑法》中有关内容的规定

第五十七条建筑设计单位对设计文件选用的建筑材料、建筑构配件和设备，不得指定生产厂、供应商。

第五十八条建筑施工企业对工程的施工质量负责。

建筑施工企业必须按照工程设计图纸和施工技术标准施工，不得偷工减料。工程设计的修改由原设计单位负责，建筑施工企业不得擅自修改工程设计。

第五十九条建筑施工企业必须按照工程设计要求、施工技术标准和合同的约定，对建筑材料、建筑构配件和设备进行检验，不合格的不得使用。

第六十条建筑物在合理使用寿命内，必须确保地基基础工程和主体结构的质量。

建筑工程竣工时，屋顶、墙面不得留有渗漏、开裂等质量缺陷;对已发现的质量缺陷，建筑施工企业应当修复。

第六十一条交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。

建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用;未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。