国家机关转让自用房产，不需要交土地增值税的。出让，是有特别含义的，出让的主体是国家，具体实施单位是国家土地管理部门，出让的客体是国有土地使用权。国家机关转让房产的行为不同于出让国有土地使用权，主体是房产所有者（可以是各个政府部门机关单位），转让的客体是房产以及随同房产一同转让的土地使用权。

有下列情形之一的，免征土地增值税：

（1）建造普通标准住宅出售，增值额未超过各项规定扣除项目金额20％；？

（2）因城市实施规划、国家建设需要依法征用、收回的房地产；？

（3）因城市实施规划、国家建设需要而搬迁，由纳税人自行转让的房地产；

（4）个人因工作调动或者改善居住条件而转让原自用住房，经过主管税务机关批准，在原住房居住满五年的，免税；居住满三年不满五年的，减半征税。？

《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。