《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税[2011]111号)附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第三十五条规定，纳税人提供适用不同税率或者征收率的应税服务，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额;未分别核算的，从高适用税率。

《财政部、国家税务总局关于在上海市开展运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税[2011]111号)附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》附《应税服务范围注释》第一条规定，交通运输业，是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、航空运输服务和管理运输服务。

第二条第四款第(五)项规定，货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输劳务情况下，为委托人办理货物运输及相关业务手续的业务活动。

根据上述规定，该试点国际货运**公司承接贵公司的国内运输业务。如果**公司用自己的车队为贵公司提供运输劳务，**公司应按“交通运输业”缴纳增值税;如果**公司不直接提供货物运输劳务，其属于提供货物运输代理服务，按“货物运输代理服务”缴纳增值税。**公司提供此两种不同税率的服务应当分别核算不同劳务的销售额，不能分别核算的，**公司应从高适用税率，开具11%的运输业发票。

按所述案例，**公司未对适用不同税率的劳务分别核算，应适用高税率，开具货物运输业专用发票。按照财税[2011]111号附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十三条第一款规定，纳税人取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国家税务总局有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。

因此，贵公司取得的6%增值税专用发票不能抵扣。