耕地占用税和城镇土地使用税不会同时缴纳。占用耕地的纳税人在缴纳耕地占用税后，在土地持有和使用过程中需要缴纳城镇土地使用税，但应将其缴纳城镇土地使用税的纳税义务发生时间设置为批准征用耕地的1年后，从而保证耕地占用税和城镇土地使用税的合理衔接。

《中华人民共和国耕地占用税法》第二条

在中华人民共和国境内占用耕地建设建筑物、构筑物或者从事非农业建设的单位和个人，为耕地占用税的纳税人，应当依照本法规定缴纳耕地占用税。

占用耕地建设农田水利设施的，不缴纳耕地占用税。

本法所称耕地，是指用于种植农作物的土地。