亲子鉴定后法院会不会判断绝父子关系，要依据鉴定的结果而定，如果是亲生子女的，法院是不能判决断绝关系的，如果不是亲生子女的，可以解除双方的关系。

一、亲子关系断绝的法律程序

在我国法律没有规定可以断绝亲子关系一说，子女年未满18周岁，父母是法定监护人，父母年老时子女是法定赡养人，均是法定义务人，法律不准许一方断绝关系!年满18周岁后是独立民事行为能力的人，其一切民事行为与家庭成员无关联，法律也没有规定，也无需断绝关系。因此，你欲通过法律程序断绝亲子关系是走不通的。

二、儿子与父亲断绝关系后子女能否继承遗产?

父亲登报断绝关系，儿子只要没有法定丧失继承权的情形，还是能继承遗产。父子关系是自然血亲关系，血缘关系不能通过登报、法律或其他手段人为加以解除。所以只要儿子为争夺遗产而杀害其他继承人；遗弃被继承人，或者虐待被继承人情节严重等行为，作为第一顺位继承人，在法定继承中仍可以继承遗产。

三、怎样合法脱离父子关系

不能通过合法脱离父子关系。因为这是事实关系，不是可以通过协议、公证这类似的法律行业来解除的关系。父母与子女间的关系，不因脱离父子关系而消除。自然血亲关系，法律上是不能解除的。对于亲生父子关系，在基于血缘关系产生，从情感上可以断绝关系，但是在法律上这种天然血缘关系，是不可以进行解阶的。