前条中已经提及，商品房应当办理初始登记，因此也应颁发房屋权属证书。

但是，商品房和其他房屋又存在不同的特点。商品房一经初始登记，随即就有买房人前来办理该商品房的转移登记。如果是按其他房屋转移登记的方法来办理，则应当收回已发给开发企业的权属证书；如果该权属证书是以幢或数幢为登记单元的，在为某个购房者办理转移登记时，还应当对这一开发企业所余下的房屋重新办理变更登记，并再次发给权属证书。由于购房者一般不会同时前来办理，因此购房者每次办理转移登记，就必须对开发企业余下的房屋重新办理一次变更登记。这样做，无论对于开发企业、登记机关还是购房者都显得十分麻烦；如果在开发企业初始登记时，按套发给权属证书，则一个小区大则成千上万套，小的也有几百套，仍然是十分麻烦。

早在1988年，上海市就对商品房的初始登记采用了发《商品房注册登记证》的方法。这一方法是在开发企业申请初始登记时，不发房屋权属证书而改发《商品房注册登记证》。开发商有了该证，证书上所载的房屋就可以办理转移登记；且《商品房注册登记证》不再收回，也不能作为其他用途。这样做使开发企业、登记机关和购房者都十分方便。因此，江浙一带的一些城市随即纷纷仿效，并延续了很长时间。

但是，在《行政诉讼法》和《城市房地产管理法》公布实施以后，这种方法在使用中的一个问题就逐渐显现出来。因为《商品房注册登记证》并不是权属证书，虽然登记机关这样做，是出于方便企业和购房者，在实体上也不影响当事人的任何利益，但是在产生行政争议时，登记机关作出颁发《商品房注册登记证》这一行政行为的依据就会引起争议。有的城市虽然已将商品房初始登记发《商品房注册登记证》写入了规范性文件，但这一行政争议仍然存在。因此，在上世纪90年代末，很多城市就逐步将《商品房注册登记证》改为了房屋权属证书。

如果仍然发统一的房屋权属证书，如何避免前述操作中的麻烦?江苏省一些城市的做法是：开发企业申请初始登记后，登记机关按登记单元(一幢或多幢)发给一本房屋所有权证。然后，在办理第一起转移登记时，登记机关收回该房屋所有权证(开发企业如需要可自留房屋所有权证复印件)。而后的操作就如同以往所发的《商品房注册登记证》，买房者可以按套办理转移登记，开发企业不再办理变更登记。为使登记簿的记载和实际权利状态相符，在开发企业初始登记时，发给开发企业的虽然只是一本房屋所有权证，而在登记簿上则是按套记载，即登记簿的记载和权属证书的记载内容在实质上是一致的，只是在形式上稍有区别而已。在办理第一起转移登记时，登记机关已收回了该房屋所有权证，此时权属证明与权属登记实质上也不再一致，但登记簿的记载与实际权利状态仍然一致，应以登记簿的记载为准。