在处理排除妨碍纠纷案件时，需要特别注意以下几个方面：首先，若排除的是对动产造成的妨碍，一般情况下应由侵权行为发生地或被告户籍所在地的法院进行管辖审理；其次，如果排除了对不动产产生的妨害，则需按照规定由该不动产所在区域的法院负责管辖。

《民法典》第二百三十六条

妨害物权或者可能妨害物权的，权利人可以请求排除妨害或者消除危险。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条

因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

第二十八条

因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。

第三十三条

下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；

（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；

（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。