分公司也可以开发票，但是合同也要以分公司名义签订。只要到当地税务机关进行纳税登记，并在所在地纳税。通常情况，所得税是汇总到总公司所在地缴纳，其他在分公司所在地缴纳。

一、独立核算的分公司如何进行报税

独立核算的分公司报税的流程：首分公司要先去银行开立一个扣税账户，然后去税所对该账户进行备案，只要分公司有在网上进行申报，税务机关就会到期在网上自动对分公司的应缴税务进行扣款。公司设立分公司的，应当自决定作出之日起30日内向分公司所在地的公司登记机关申请报税登记。

二、分公司报税流程

分公司分为两类：一、非独立核算的，非独立核算指的是分公司不能单独开立基本账户，不能单独领用发票，可以在总公司下设单独账户，统一纳税，分公司不属于独立核算的纳税人。此类分公司不需要报税。二、分公司独立核算的，独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。独立核算下的分公司，需要向当地税务机关申报纳税。分公司独立核算需开立扣税账户，然后去税务机关备案，在网上申报会自动在银行扣款，所以要保证扣税账号有足够资金来扣款.增值税是按月申报的(国税局)，不管是否有无收入，都必须申报，申报期一般是每个月的15号前，如有法定假日会顺延，企业所得税是实行季度预缴。

三、分公司和子公司如何交税

子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任;分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。按照税法规定，当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分公司所在地有税收优惠政策，则当分公司开始盈利后，可以变更注册分公司为子公司，享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。