对工程造价司法鉴定有异议，当事人可以申请重新鉴定，也可以主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。我国法律规定，办案机关认为需要重新鉴定的，司法鉴定机构可以接受办案机关委托进行重新鉴定。

工程造价司法鉴定的基本程序

工程造价司法鉴定的基本程序可分为两个基本阶段。第一阶段以委托和受理为开端，到出具鉴定听证勘误报告结束，主要任务是收集工程造价鉴定计算的事实依据。由当事人对其主张举证，进行相应的鉴定质证、认证，依据有效的证据进行专业性鉴定计算。第二阶段从送达工程造价鉴定听证勘误报告开始，至庭审质证后结束，主要目的是通过当事人对鉴定听证勘误报告和鉴定报告提出的异议，解决工程造价鉴定依据的事实问题和适用规范问题。两个阶段均以当事人会议为基本形式，贯穿鉴定举证、听证、质证、认证的行为过程，鉴定人在充分听取当事人对鉴定的主张、申辩以及对鉴定报告异议的基础上，根据委托鉴定内容，做出工程造价鉴定结论。

《司法鉴定程序通则》第三十一条

有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受办案机关委托进行重新鉴定：

（一）原司法鉴定人不具有从事委托鉴定事项执业资格的；

（二）原司法鉴定机构超出登记的业务范围组织鉴定的；

（三）原司法鉴定人应当回避没有回避的；

（四）办案机关认为需要重新鉴定的；

（五）法律规定的其他情形。