增值税发票的抵扣方式是：销项税额减去进项税额，按其差额进行缴纳。销项税是一般纳税人在销售货物时，向购货方收取的货物增值税税额。进项税是指纳税人购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产或者不动产，支付或者负担的增值税额。

增值税怎么抵扣？

当月月底前在国税网上上传相应的增值税专用发票或者海关专用缴款书进行进项认证，认证通过的发票即可作为次月销项的抵扣。到次月申报时，如果进项税额小于申报月份销项税额，则差额作为应交税额上报并缴税，如果进项税额大于申报月份销项税额，则剩下的部分作为留抵进项，供之后的销项抵扣。

中华人民共和国税收征收管理法第三条

税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。