1、李某入职时，是A公司录用的,工作证、通讯录、工作单均是A公司的,工作地点挂的也是A公司名称的牌子，李某也一直认为自己是为A公司工作,是A公司的员工；2、虽然李某最初告A公司时,A公司否认李某是其员工,但当李某与A公司、B公司三方在一起调解时,B公司称李某是A公司员工,A公司也认可;3、工资关系是确认劳动关系的最有力证据，而李某的工资又是A公司发放；4、虽然最后B公司自认李某是其员工,并且社保也是B公司缴纳,但自认和社保关系都不是确认劳动关系的最有力证据,实际中,有可能A、B两个公司串通,由没有偿债能力的公司承担法律责任，最终达到逃避责任的目的。

本人同意第二种观点，李某与A公司存在劳动关系。根据劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》(劳社部发[2005]12号)第一条的规定,用人单位招用劳动者未签订劳动合同,但同时具备下列情形的,劳动关系成立:(一)用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格;(二)用人单位依法制定的各项规章制度适用于劳动者,劳动者受用人单位的劳动管理,从事用人单位安排的有报酬的劳动;(三)劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。

本案中,李某和A公司符合法律、法规规定的主体资格;李某入职时，是A公司录用的,工作证、通讯录、工作单均是A公司的,工作地点挂的是A公司名称的牌子，工资也是A公司支付,即李某工作中遵守的是A公司的规章制度,受A公司的劳动管理,从事A公司安排的有报酬的劳动,提供的劳动是A公司业务的组成部分。

综合本案事实和证据可知,李某应与A公司存在劳动关系。