短期融资券作为一种新的直接融资方式，同其他融资方式一样，对企业来说也有不足之处，主要表现在以下几方面。

1.备案批准风险。短期融资券的发行虽说是实行备案制，但需央行发出备案通知后方可发行，若得不到备案通知，企业前期投入的人力、物力将白费。

2.政策风险。从企业决策到正式发行期间，一方面因短期融资券发行利率要受央行票据利率变化影响，若央行票据利率升高将导致短期融资券发行成本增加，从节约融资成本方面来说，实际效果将同原预期效果产生较大差异。一年期的短期融资券发行利率从2005年的2.92%上升至目前的3.5%左右，与这段时间央行票据利率的上升有很大关系。另一方面，若其他融资方式的融资成本下降，如银行贷款利率下调，将会增加短期融资券的机会成本，也会影响预期成本效应。

3.市场风险。由于短期融资券采用了比较市场化的备案制管理方式，发行方式与定价情况完全由主承销商与发行人根据市场行情协商确定，央行票据利率虽对短期融资券发行利率有一定的指导作用，但市场供求状况、企业自身状况也有极大的影响，这在发行利率上体现得最为明显。2005年，不论企业性质、从事行业、企业评级情况、规模大小，一年期发行利率基本都是2.92%；而2006年，随着央行票据利率和市场供应量的增加，不但整体利率一路走高，而且出现分化发展的现象，不同行业、不同规模、不同评级水平、不同性质的企业的利率水平相差较大。

4.道德风险。由于目前央行只批准了8家商业银行具有短期融资券的承销资格，企业选择面小，同时商业银行又是短期融资券的主要投资者之一，承销商为了自身利益，有同投资人共谋抬高价格的可能，而实行余额包销的方式又加大了这方面的道德风险。

5.违约风险。由于短期融资券属短期信用融资，最长期限为一年，且一次性融资规模大，到期还款压力大，企业虽在发行前已作了还款规划，但一旦企业情况发生变化，到期不能及时归还，企业声誉和融资能力将严重受损，企业资金链将面临断裂的危险，从而波及其日常经营，导致企业业绩下滑，严重的将导致企业债务人起诉而遭破产之灾。

6.适合发行短期融资券的企业面较窄。由于投资人购买企业短期融资券是基于对企业信用的认同，规模大、经营业务成熟的国有企业更容易受到投资者的青睐，而一些具有高成长性、从事新业务的中小企业很难通过发行短期融资券获取资金。在已发行短期融资券的企业中，国有大型企业集团在数量、发行规模上都占较大比例，而民营企业不但发行规模小，而且发行利率也相对较高。

7.期限短，不利于作为长期筹资方式。短期融资券最短为三个月，最长为一年，央行制度设计的初衷是为了解决企业流动资金问题，而现在一些企业实际上是将募集资金当作长期资金使用，这将增加企业的还款压力，无形中加大了企业的违约风险。