对于自行建设固定资产所需的工程物资能否进行增值税进项税额的扣除，这需依据具体状况予以判定。

若贵司为具有资格认证的一般纳税人，且已经获取了与该等工程物资相符的增值税进项发票，便可依法进行抵扣；

然而，若贵司并非一般纳税人，或未获得相关进项发票，又或者所获得的进项发票不具备抵扣条件的，那么将无法进行抵扣操作。

《财政部、国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》第一条：自2009年1月1日起，增值税一般纳税人（以下简称纳税人）购进（包括接受捐赠、实物投资，下同）或者自制（包括改扩建、安装，下同）固定资产发生的进项税额（以下简称固定资产进项税额），可根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令第538号，以下简称条例）和《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部国家税务总局令第50号，以下简称细则）轮段的有关规定，凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和运输费用结算单据（以下简称增值税扣税凭证）从销项税额中抵扣，其腊搜誉进项税额应当记入“应交税金一应交增值税（进项税额）”科目。