1、新生儿出生肢体畸形，医疗机构存在过错，构成医疗事故的，医疗机构要承担民事赔偿的法律责任，具体包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等费用的赔偿。

2、法律依据：《医疗事故处理条例》

第二条，本条例所称医疗事故，是指医疗机构及其医务人员在医疗活动中，违反医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规，过失造成患者人身损害的事故。

3、法律依据：《中华人民共和国民法典》

第一千二百一十八条，患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或者其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任。

一、医疗事故的处理方法有哪些

1、根据相关法律规定，出现医疗纠纷以后，可以通过双方共同协商处理(私了)、卫生行政部门行政处理、民事诉讼司法程序处理。其中，调解原则贯彻始终，司法鉴定结论或医疗事故技术鉴定结论是各种处理途径的科学依据之一。

2、有多条合法途径可解决医疗纠纷，如医患双方自行协商，在卫生行政主管部门主持下调解，依法向人民法院提起诉讼等；有些地方还出现了民间调解组织，居中调解医疗纠纷。

3、一般情况下，医患双方可自行协商，如未能通过协商等途径解决，这时患者及家属可以就双方的纠纷向人民法院提起诉讼。因医疗损害赔偿向人民法院提起诉讼的案由，主要有医疗服务合同纠纷和医疗损害赔偿纠纷两类。其中，医疗损害赔偿纠纷又可分为一般医疗损害赔偿纠纷和医疗事故损害赔偿纠纷，不同的案由适用法律不同，计算赔偿数额的依据亦不同。

4、在提请诉讼时，因为专业性较强，最好请具有法律和医学知识的专业人员提供帮助。而且，作为原告，从案由、被告、诉讼请求的确定，到赔偿数额计算、涉及鉴定时陈述材料的书写等都需要仔细推敲，同时还需要注意诉讼时效的限制、管辖法院的选择及证据材料的组织等。