首先，纠纷涉及股东与第三人的外部关系时，应着重审查工商登记的内容。工商登记具有对善意第三人宣示股东资格的证权功能，第三人有理由依赖登记材料的真实性。即使登记内容存在瑕疵，按照商法公示主义与外观主义原则，第三人仍可以基于对该登记内容的信赖，要求工商登记的股东按登记的内容对外承担责任。但工商登记本身并无创设股权的效力，即工商登记关于股权的登记内容属证权性登记，并非设权性登记。所以，在纠纷涉及公司与股东或者股东之间时，工商登记并不作为审查的主要内容。

其次，当纠纷涉及公司与股东间的关系时，在确认股权时应着重审查股东名册的记载。股东名册具有推定效力，即在没有相反证据时，股东名册就是股东资格的证明。实质上的权利人在尚未完成股东名册登记或者名义变更前，不能对抗公司，向公司主张股东权利;公司依法对股东名册上记载的股东履行了通告、公告等必须履行的义务后，即可免除责任。当然，股东名册既然具有推定效力，那么就有被其他证据推翻的可能。如实质上的权利人虽未被记载于股东名册，但其已在公司实际享有股东权利，或其他股东对其身份予以认可的，其股东身份亦应予以确认。

再次，当纠纷涉及股东间关系时，股权确认一般应审查出资证明、股东会决议等股东实际投资及股东间关于股权安排的真实意思表示等相关事实。但值得注意的是，尽管出资证明或出资的事实往往是股东证明其出资的主要证据之一，但股东未实际出资或出资不足的，是否必然否定其股东资格新公司法第二十八条第二款规定：“股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。”

公司有义务对出资股权进行整理登记，以便存档，一旦股权有被纪录，那么就是对股东股权的确认了。没有登记的股权必须该公司的规章制度，即使登记存档，以便股东可以很方便行使自己应有的权力，这也是公司对股东负责任的一种表现。