存疑不起诉的受害人可以申请国家赔偿。存疑不起诉说明检察院是在案件事实不清，证据不足的情况下在才决定不起诉的，之前被羁押的人员是无罪的，可以请求国家赔偿。

根据《国家赔偿法》第十七条第二项的规定，行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时，对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。

一、受害人证据不足的案子怎么处理

如果对证据不足的案件进行结案的问题，分为侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段三个不同的情况。

（1）在侦查阶段，依据《刑事诉讼法》的规定，在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。

（2）在审查起诉阶段，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。不起诉的决定，应当公开宣布，并且将不起诉决定书送达被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押，应当立即释放。

（3）在审判阶段，在人民法院宣告判决前，人民检察院发现证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的，可以撤回起诉。对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后三十日以内作出不起诉决定。需要重新侦查的，应当在作出不起诉决定后将案卷材料退回公安机关，建议公安机关重新侦查并书面说明理由。

二、行政赔偿的不适用情形有哪些？

国家赔偿的不适用情形：

1、行政机关工作人员实施的与行使职权无关的个人行为;

2、因公民、法人和其他组织自己的行为致使损害发生的;

3、因公民自己故意作虚伪供述，或者伪造其他有罪证据被羁押或者被判处刑罚的;

4、依照刑法第十四条、第十五条规定不负刑事责任的人被羁押的;

5、依照刑事诉讼法第十一条规定不追究刑事责任的人被羁押的;

6、行使国家侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关的工作人员与行使职权无关的个人行为;

7、因公民自伤、自残故意行为致使损害发生的;

8、法律规定的其他情形。