检察院存疑作出不起诉决定的，如果犯罪嫌疑人被羁押的，应该立即通知看守所释放当事人。对在押的嫌疑人作存疑不起诉程序上，只能由检察机关处理结果。存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。检察机关作出对存疑不起诉案件发现新证据后可提起公诉的规定，一方面突破了《刑事诉讼法》的规定，因为该法并未规定存疑不起诉后发现新证据可以再行起诉；另一方面，该规定对保障犯罪嫌疑人的合法权益极为不利。这种不利表现为：对于存疑不诉的被不起诉人，社会上对其会有“不清不白”的评价，罪与非罪悬而未决，社会各方面的排斥和冷遇时时可遇，日常活动很难开展。同时，由于高检院对何时发现新证据可再行起诉未作限制性规定，对未发现新证据的人，其直到死还会有案件挂着。因此，一些学者建议取消存疑不诉后再可起诉的规定。

一、存疑不起诉有什么后果

存疑不起诉的后果如下：检察院会作出不起诉的决定后，会公开宣布，不起诉的决定书会被送达至被不起诉人和他的所在单位；并且如果被不起诉人在押的，会立即予以释放。人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在《刑法》第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。对案件存在疑问，检察机关决定不起诉嫌疑人的，需要当场释放，存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪，也就是无罪之人，自然没有案底的，此外，在处理案件时，检察院有权作出存疑不起诉的决定。