根据法律规定，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。所以说，除不可抗力等法定情形外，用人单位不得以任何理由扣除、拒缴员工的社会保险费用。因此，员工请假，单位扣除其应缴五险一金的做法是违法的。劳动者可以向当地社保局、劳动监察大队等相关部门投诉，要求用人单位补发扣除当月社保费用中公司应缴纳部分

员工请假制度

1、公司员工请假，需各相关领导和部门递交书面申请，如实填写《请假条》，并在综合部进行备案，否则请假不做生效；员工假期满后，须到综合部销假，否则做旷工处理。2、相关审批人员必须严格把关，保证员工请假的真实性，否则相关审批人员要承担相应的后果。3、员工请假，应提前办理请假手续，填写《请假条》，因身体不适等紧急原因临时请假，应在上班前电话联系告知部门主管，返岗后补办请假手续。4、员工请假2天以内经部门主管批准同意，请假3天以上部门主管同意后，需经综合部批准；请假7天以上需经总经理批准。批准同意后，请假员工持《请假条》到综合部备案，否则请假不做生效。5、因特殊情况需请假的，应经部门主管批准和综合部同意，否则做旷工处理。6、部门主管请假，须经总经理批准，报综合部备案。7、员工生病不能坚持工作，请病假3天以上的，就提交医院出具的病历本或病假证明，病假期限届满时，员工就返岗。

《社会保险法》第六十条第一款规定，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。