有房产证没有契税发票是合法的，契税发票可以到税务机关进行补办。可以拿上房产证让税务部门出具相应的证明，也可以到市房屋产权登记发证中心档案部门调出档案，复印后，就可以过户了。如果上述部门提供不了，需补交，有当年的购房发票的话，按当年的评估价缴纳契税，如果没有，则需要按现在的评估价缴纳。

购房契税，指房屋所有权发生变更时，就当事人所订契约按房价的一定比例向新业主(产权承受人)征收的一次性税收。它是对房地产产权变动征收的一种专门税种。纳税人应当自纳税义务发生之日起10日内，向契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。

一、因此契税发票丢失可以及时补办，具体流程如下：

1、首先要登报声明该发票作废，并注明房屋地址、购房者姓名、和发票号码等相关要件。

2、其次到房屋开发公司让其出具相关丢失情况说明，并证明购房人确实在公司购买过商品房，比如拿出发票底联等相关购房证据。

3、最后由房产部门前去开发公司核实丢失的真实情况，补办购房发票。

二、契税票的用途：

1、在缴纳个税或者增值税时，需要用原房主契税票核实房屋原值；

2、根据契税票填发时间判断房屋年限；

3、新房主则需要用契税票办理过户。