先予执行后不应准许申请人撤诉，而应继续审理、案件审结后，原告胜诉的，人民法院在判决书或调解书中，应记明先予执行的款项、特定物在被申请人应付的款项总额中予以扣除，返还担保物。双方结算清楚。如案件审结原告败诉的，人民法院判决时一同撤销先予执行裁定，返还已执行的款物，并赔偿被申请人由此造成的经济损失。

先予执行后，申请人预先实现了以后判决中可能确定的部分权利，被执行人预先履行了以后判决中可能确定的部分义务，从表面上看案件的实体争议已经解决，诉讼可以终结，申请人可以撤诉。其实不然，先予执行只是一种假执行，至于这种执行是否正确合适，争议是否得以解决有待于继续审理才能得出结论。如果先予执行后即允许申请人撤诉，无形中剥夺了被申请人诉讼权利和实体权利，放弃了人民法院的诉讼义务，一旦先予执行不当，势必酿成新的争议，给被申请人造成经济损失。