补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。签订合同之后，发现内容还需补充的，可以拟定合同补充协议。合同补充协议的拟定需要注意几个必备信息：

一是双方当事人的基本信息需全面具体；

二是说明拟定补充协议的原因；

三是协议补充的内容或变更的内容。

法律依据：

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定，当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据。

一、补充合同与主合同结算单价不一致怎么办

当事人就同一建设工程另行订立建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案中标合同作为结算工程价款的根据。这是黑白合同应当以白合同进行结算的基本原则。

应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑白合同，也应当适用《司法解释》第21条关于以备案合同进行结算的规定。

因此，在主合同和补充合同结算不一样时，应该看主合同和补充协议对此是怎么约定的，按约定处理即可，若未约定以哪份为准，一般以补充协议为准，若补充协议的签订存在违法的情形，则以主合同为准。