公司转让，劳动者申请了劳动仲裁，劳动者应得的工资是可以拿到的。进行劳动仲裁和拿回工资之间没有必然的关联性，申请了劳动仲裁，并不表示就一定可以拿回工资的，当然也包括工伤索赔期间的工资。劳动争议仲裁只是解决劳动纠纷的一种方式。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条

中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：

（一）因确认劳动关系发生的争议；

（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；

（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；

（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；

（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；

（六）法律、法规规定的其他劳动争议。