工程备案合同与实际施工合同不一致，需要以备案合同为准来进行结算。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条的规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目。

一、招标合同与实际合同不一致怎么办

施工合同与招投标不一致的，属于阴阳合同，按照招投标后经过备案的中标合同来确定各自权利义务。当遇到这样的情况就要根据相关法律的规定来进行处理，才能在招标的时候更加容易顺利的进行，这是属于一种阴阳合同，需要确定各自权利义务。阴阳合同是指合同当事人就同一事项订立两份以上的内容不相同的合同，一份对内，一份对外，其中对外的一份并不是双方真实意思表示，“阴阳合同”是一种违规行为。

二、施工合同无效的情形有

1、合同主体不适格，应当认定无效。

2、违法招标、投标订立的建设工程施工合同或者建设工程必须进行招标而未招标或者存在其他中标无效情形的，应认定为无效合同。

3、违法分包、转包的建设工程施工合同，应认定为无效合同。