(一)行政追偿时效制度缺失

行政追偿时效，其性质属于消灭时效，是指国家赔偿义务机关向被追偿人行使追偿权的有效期限。规定时效制度的主要目的在于稳定赔偿义务机关及其所属工作人员之间的法律关系，促使赔偿义务机关及早行使其追偿权力。然而目前我国追偿权不发生因时效届满而消灭的问题，这将会对行政机关的工作效率造成不利影响。

(二)没有完善的行政追偿救济制度

由于行政追偿涉及公务员的重大利益，违法滥用追偿权可能会给被追偿人带来巨大的损害。所以，救济程序做为一种事后程序，不但被追偿人的权利诉求提供了救济渠道，也起到了监督赔偿义务机关正确行使追偿权的作用。但从我国现行立法来看，行政追偿决定作为一种内部行政行为，追偿对象在不服追偿决定的情况下，既不能通过行政复议途径获得救济，也不能通过诉讼途径获得救济，这样就形成了被追偿者法律救济上的空白。

(三)行政追偿监督制度无力

根据我国《行政诉讼法》和《国家赔偿法》的规定，我国行政赔偿义务机关拥有追偿决定权，并可以依此责令法定追偿对象承担部分或全部费用。然而，由于追偿决定权是在行政系统内部行使，就不可避免的会产生两种可能：一是弃之不用。因为赔偿费用已由国家财政支出，而行政机关内部鉴于上下级私情，容易产生追偿权的放弃或象征性追偿的不法现象。二是过度滥用。若拥有追偿决定权者出于打击报复等非法目的，又极易导致权力过度滥用，侵犯公务员合法权益。行政追偿决定权不仅涉及公务员的金钱给付义务，而且涉及国家利益。为避免上述两种情况的出现，必须设立相应的制度予以监督。

(四)缺乏完善的行政追偿程序

行政追偿程序是指赔偿义务机关(追偿权人)就被追偿人做出追偿决定的方式、步骤、顺序和时限的总和。健全的程序建构能够降低制度运行中的不利影响，并保障此项制度在实践中被更好的执行。但迄今为止，我国法律并未对行政追偿的相关程序问题作出必要的、具体的规定，这也是我国行政追偿制度无法贯彻的主要原因之一。