首先要注意区分违法建筑和拆迁补偿中使用的材料。根据我国《城市房屋拆迁管理条例》第二十二条规定，“拆除违法建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除不超过批准期限的临时建筑，给予适当补偿。违法建筑者对违法建筑使用的材料拥有合法的财产权。因此，并不意味着拆除违法建筑所用的材料就得不到补偿。其次，在拆迁补偿中，要注意区分建筑物范围内的违法建筑和土地使用权。违法建筑按土地使用权与否的标准可分为两类：一类是有土地使用权的违法建筑，另一类是无土地使用权的违法建筑。如果违法建筑拥有合法的土地使用权，即使违法建筑本身在拆迁中得不到补偿，也必须考虑违法建筑业主的财产利益。以划拨方式取得土地使用权的，拆迁人不得对使用该土地的违法建筑者给予补偿；但是，以出让方式取得土地使用权的，违法建筑者已缴纳土地出让金，但出让期限尚未届满的，拆迁人应当对拆除违法建筑造成的土地使用收入损失给予适当补偿。第三，在拆迁补偿中，要注意区分违法建筑和建筑物内的财产。违法建筑中的财产可以独立于违法建筑而存在，违法建筑是违法建筑者的合法财产，应当依法予以保护。拆除人在拆除违法建筑过程中，不得侵犯违法建筑人的合法财产权益，否则应当承担法律责任。另外，在拆迁补偿中，要注意区分拆迁补偿和拆迁补贴。虽然我国《城市拆迁管理条例》明确规定拆除违法建筑不给予补偿，但只能说明违法建筑者得不到拆迁补偿，拆迁人仍需依法向违法建筑者支付拆迁补贴。拆迁补助包括搬迁补助、临时安置补助等费用。拆迁人不得因违法建筑原因拒绝向违法建筑支付拆迁补助、临时安置补助等费用。

拆迁补偿是指拆迁人依法拆迁时应当向被拆迁人和房屋承租人支付的补偿；拆迁补偿是指拆迁人在拆迁过程中，因违法的拆迁程序和手段，侵害被拆迁人和房屋承租人的合法权益，应当向被拆迁人和房屋承租人支付的补偿。本文对拆迁补偿仅限于对违法建筑者的拆迁补偿进行探讨。最后，在拆迁补偿中要注意改建违法建筑的特殊情况。所谓转换违法建筑，主要是指临时建筑因超过审批期限而转换而成的违法建筑。审批期内改造的违法建筑与临时建筑的区分点为审批期结束。法定建筑物从批准期开始至批准期结束。违法建筑超过批准期限未拆除的。笔者认为，并非所有改造后的违法建筑在拆除时都得不到补偿。有下列两种情形之一的：（一）不可抗力阻碍临时建筑在批准期限内拆除的；（二）临时建筑为保护他人较大利益未被拆除，超过批准期限未被拆除的。在这两种情况下，拆迁人在拆除违法建筑时，应当按照国家或者地方的标准对违法建筑人进行补偿。

例如，违法建筑承租人在正常情况下履行了注意义务，仍然不知道出租房屋是违法建筑。拆迁人拆除违法建筑的，应当依法对承租人进行补偿安置。从法理学的角度看，任何人都不应因为第三人而丧失自己的合法权益。拆迁人不得因违法建筑人的过错而拒绝赔偿违法建筑使用人。