已经认定工伤但发现不存在劳动关系，按照工伤赔偿。

根据《最高人民法院关于印发全国民事审判工作会议纪要的通知》（法办［2011］442号）第59条的规定和劳社部发［2005］12号《关于确立劳动关系有关事项的通知》的规定，由于劳动者与发包者不具备劳动关系的构成要件，劳动者与发包者之间不具有劳动关系。虽然劳动者与发包者不存在劳动关系，但是不能因此否定不是工伤，也就是说工伤认定已经突破了劳动关系这一前提，即使不存在劳动关系，也可以认定为工伤。

怎么认定工伤认定的劳动关系

工伤认定，劳动关系的确定：有劳动合同的可以用劳动合同确定劳动关系，没有劳动合同的，可参照下列凭证：

（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；

（二）用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件；

（三）劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录；

（四）考勤记录；

（五）其他劳动者的证言等。