对房屋买卖合同进行公证，与法院对房屋进行查封，是没有什么关系的，是不矛盾的。公证是公证机构根据当事人的申请，依照法定程序对民事法律行为的事实和文书的真实性、合法性予以证明的活动。而法院的查封，是法院依法对查封标的物确认封存，并剥夺被查封财产所有人对被查封标的物所有权的一种执行措施。无论房屋买卖合同是否合法有效，法院都可以根据申请人的申请，依法对房屋进行查封。《民事诉讼法》第一百条人民法院对于可能因当事人一方的行为或者其他原因，使判决难以执行或者造成当事人其他损害的案件，根据对方当事人的申请，可以裁定对其财产进行保全、责令其作出一定行为或者禁止其作出一定行为;当事人没有提出申请的，人民法院在必要时也可以裁定采取保全措施。人民法院采取保全措施，可以责令申请人提供担保，申请人不提供担保的，裁定驳回申请。人民法院接受申请后，对情况紧急的，必须在四十八小时内作出裁定;裁定采取保全措施的，应当立即开始执行。
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房产存在被查封的障碍，房产不能办理过户，属于物权变动问题，不影响买卖合同的效力； 即如果买卖双方签订《房屋买卖合同》或《商品房买卖合同》是双方真实的意思表示，合同内容不违反法律和行政法规的强制性规定就是合法有效的合同。
房子被查封，房屋买卖合同只要具备生效要件，不会因为房产被查封而无效，只是在查封期间该房产不能过户，过错方要对此承担相应的违约责任。 根据2021年实施的《民法典》第二百四十条规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。 第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效： （一）行为人具有相应的民事行为能力； （二）意思表示真实； （三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
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