员工违反劳动纪律是否可以被企业处罚，需要依据具体所在省份具体分析。《企业职工奖惩条例》已于08年1月被废止，且《广东省劳动保障监察条例》亦规定禁止企业对员工行使罚款权。但是，由于各地的地方性法规规定企业有罚款权，且尚未予以修改，所以，很多企业至今仍然在对违纪员工进行经济处罚。《广东省劳动保障监察条例》，第五十一条规定，“用人单位的规章制度规定了罚款内容，或者其扣减工资的规定没有法律、法规依据的，由人力资源社会保障行政部门责令改正，给予警告”。这就直接从立法上禁止了企业对员工行使罚款权。以深圳为例，2008年11月实施的《深圳经济特区和谐劳动关系促进条例》第十六条规定：“用人单位依照规章制度对劳动者实施经济处分的，单项和当月累计处分金额不得超过该劳动者当月工资的百分之三十，且对同一违纪行为不得重复处分。实施处分后的月工资不得低于市政府公布的特区最低工资标准”。虽然深圳市属广东省行政管辖，但深圳作为经济特区，全国人大常委会已授权深圳经济特区制定地方性法规，根据《立法法》第八十一条之规定，深圳经济特区法规的效力高于广东省指定的地方性法规，因此，在深圳经济特区内的企业对员工仍具有违纪经济处罚权。
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若严重违反劳动纪律的，用人单位可以开除员工，并且不用支付经济补偿或赔偿金；若仅是违法劳动纪律的，用人单位可以根据单位的规章制度扣除劳动者部分工资。
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