独立审计本来是注册会计师接受财产所有者的委托，对财产经营者的受托经营责任进行的审查活动，但是，目前我国大多数股份有限公司股权结构不合理，公司法人治理结构“塌陷”。如国有股股东在董事会实质上的缺位导致公司被内部管理者控制;在部分国有控股和民营控股的上市公司中存在“一股独大”的问题，相当一部分上市公司的董事长与总经理合二为一。在这种情况下，经营者由被审计人变成了审计委托人，所以其对聘请审计师具有决定作用，他们成了会计师事务所的“衣食父母”。公司在审计交易中具有聘用审计机构、续聘注册会计师和控制审计费用标准等权力。因此，会计师事务所就会受到限制，如果不能迁就被审计公司就有被解聘的可能。从而更加严重地威胁到注册会计师审计的独立性。
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新公司法对公司设立的影响不包括公司的注册资本，出资时间，验资证明，登记制度改革后的有关住所登记，一址多照的要求以及住宅可以作为经营场地等问题。
公司的财务负责人很有可能会被认定属于公司法中的“高级管理人员”。而公司法对于高级管理人员的任职资格、义务以及赔偿责任是有规定的。因为公司的税务风险，以及公司高层在开票中（如果开票不是有财务负责人开的话）的不规范引致的发票风险，合同签署中的财务责任，违反法律的合同的法律风险，以及财务负责人对费用发票审核不细致造成的报销风险，都是财务负责人的风险。
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