综合工时制加班应当支付加班费。根据劳动部《工资支付暂行规定》第十三条、劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》（劳部发[1997]271号）第五条规定，综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，应当按照劳动合同规定的工资标准150%支付工资报酬；法定假日安排工作的，应当按照劳动合同约定的工资标准的300%支付工资报酬。《劳动法》第四十四条有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：(一)安排劳动者延长时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》（劳部发[1997]271号）五、经批准实施综合计算工时工作制的用人单位，在计算周期内若日（或周）的平均工作时间没超过法定标准工作时间，但某一具体日（或周）的实际工作时间工作超过8小时（或40小时），‘超过’部分是否视为加点（或加班）且受《劳动法》第四十一条的限制？依据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》第五条的规定，综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间并按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
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综合工时制是有加班费的，平时按1.5倍支付，在法定假日给劳动者安排工作的要给3倍加班费。在综合计算周期内，超过总法定标准工作时间的部分应视为延长工作时间并按劳动法的规定支付报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按劳动法的规定支付报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬； （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬； （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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