原劳动部发布的《劳动部工资支付暂行规定》第十五条和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》第三条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。但“克扣”不包括以下减发工资的情况： (1)国家的法律、法规中有明确规定的; (2)依法签订的劳动合同中有明确规定的; (3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的等……。因此，用人单位经过民主程序制订的扣发工资的规定，不属于克扣工资的情形。 其次，《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有违反用人单位规章制度情形的，用人单位可以解除劳动合同。若用人单位的规章制度规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以解除与劳动者的劳动合同”应当属于合法有效，解除劳动关系后劳动者将处于失业状态，相比较扣发工资而言其惩罚程度明显较轻。根据举重以明轻原则，用人单位规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以扣发全月工资”也应当合法有效。 再次，从司法审判的社会效果来说，如果认为用人单位规章制度中扣发工资的规定无效，那么势必导致企业选择更为严厉的解除劳动合同规定来加强其经营管理权，此与劳动合同法构建和发展和谐稳定劳动关系的立法目的相悖离。最后，劳动者的工资水平的高低与其所从事工作的临时性、替代性和技术性有密切的联系。用人单位针对某些重要性岗位的工作人员通过劳动合同约定或规章制度规定，劳动者严重违反规章制度将扣发全月工资，此与合同法的违约责任相类似，并不违反公平原则。
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工资税的扣除为工资薪金所得减去五险一金再减去扣除数的差和适用税率相乘再减去速算扣除数。工资税的起征点为五千元，运用超额累进税率的计算为缴税为全月应纳税所得额与税率之积减去速算扣除数。实发工资为应发工资与四金和缴税之差。
劳动者患病期间，公司可以根据公司相关制度扣付工资，但工资的扣付须遵守法律，法律规定如下： 一、《劳动法》中有关病假的规定 1、职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。 2、除劳动法第二十五条规定的情形外，劳动者在医疗期、孕期、产期和哺乳期内，劳动，劳动合同期限届满时，用人单位不得终止劳动合同。劳动合同的期限应自动延续至医疗期、孕期、产期和哺乳期期满为止。 二、依据病假请假的时间来计算扣工资的比重： 职工患病休假在六个月内的疾病休假工资计算： 1.连续工龄＜2年者：病假日工资按职工日平均工资的60％计发； 2.连续工龄≥2年且＜4年者，病假日工资按职工日平均工资的70％计发。
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