原劳动部发布的《劳动部工资支付暂行规定》第十五条和《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》第三条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。但“克扣”不包括以下减发工资的情况： (1)国家的法律、法规中有明确规定的; (2)依法签订的劳动合同中有明确规定的; (3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的等……。因此，用人单位经过民主程序制订的扣发工资的规定，不属于克扣工资的情形。 其次，《劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有违反用人单位规章制度情形的，用人单位可以解除劳动合同。若用人单位的规章制度规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以解除与劳动者的劳动合同”应当属于合法有效，解除劳动关系后劳动者将处于失业状态，相比较扣发工资而言其惩罚程度明显较轻。根据举重以明轻原则，用人单位规定“劳动者旷工3天或3天以上的，企业可以扣发全月工资”也应当合法有效。 再次，从司法审判的社会效果来说，如果认为用人单位规章制度中扣发工资的规定无效，那么势必导致企业选择更为严厉的解除劳动合同规定来加强其经营管理权，此与劳动合同法构建和发展和谐稳定劳动关系的立法目的相悖离。最后，劳动者的工资水平的高低与其所从事工作的临时性、替代性和技术性有密切的联系。用人单位针对某些重要性岗位的工作人员通过劳动合同约定或规章制度规定，劳动者严重违反规章制度将扣发全月工资，此与合同法的违约责任相类似，并不违反公平原则。
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对劳动者的经济补偿金，由用人单位一次性发给。用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
用人单位扣除劳动者工资应遵循的规定有，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
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