劳动者正常辞职的，用人单位克扣劳动者百分之五十的工资这样的行为是不合法的，对于用人单位无故克扣工资的，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资。1、去当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息（北京地区不需要提供登记信息）。2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
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如果是所谓的扣除员工工资的百分之二十集中发放,就是违法的。但如果在劳动者因本人原因造成用人单位经济损失的，用人单位可以扣发劳动者工资，但不得超过当月工资的20%。
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