按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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用人单位没有权利随意降低劳动者的工资待遇。降低工资属于变更劳动合同内容，应与劳动者协商达成一致并签订书面文件。用人单位单方降低劳动者工资的，劳动者可以以未及时足额支付劳动报酬为由申请劳动仲裁，要求解除劳动关系并支付经济补偿金，若不想解除劳动关系的，可只请求支付工资差额。
劳动合同自签订之日起对双方具有法律约束力，应当按照合同约定履行。订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。可见未经过双方协商的情况下，该公司单方降低劳动者工资的行为违反了变更劳动合同的基本原则，也违反了劳动合同中的约定。故用人单位不能无故单方降低劳动者的工资。
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