员工应该先申请赔偿，同时在赔偿拿到手后办理辞职手续。根据《社会保险法》第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；（二）住院伙食补助费；（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；（五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费；（六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴；（七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金；（八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金；（九）劳动能力鉴定费。第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：（一）治疗工伤期间的工资福利；（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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劳务派遣员工辞职的流程：被派遣劳动者应当提前三十日以书面形式通知劳务派遣单位，在试用期内提前3日；同意离职后，劳动者做好工作的交接，并办理离职手续；要求劳务派遣单位应一次性结清工资及出具解除合同的证明。
实习期辞职流程我国法律没有明文规定。但是我国法律有规定试用期离职的程序。试用期离职的提前三日通知用人单位，就可以解除劳动合同。试用期没有签订劳动合同但是签订相关的协议书的，员工应当按照协议书报备离职。
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