用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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所谓“克扣工资”，是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动而提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。 不包括以下减发工资的情况： （1）国家的法律、法规中有明确规定的； （2）依法签订的劳动合同中有明确规定的； （3）用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的； （4）企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的（但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准）； （5）因劳动者请事假等相应减发工资等。
因为个税是由单位在网上申报时，代个人预缴。到发工资时，在工资里扣除之前单位为个人缴纳的部分。所以一般个税都是单位代个人先代扣代缴。在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按规定办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
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