用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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扣工资的违法行为有：1.上班迟到，单位扣工资；2.请假期间扣正常工资3倍属于违法；3.孕期女职工产检扣工资违法；4.用人单位为捐赠强扣工资违法；5.员工辞职，单位就扣员工工资；6.工作绩效未达标，单位扣工资；7.因劳动者的个人原因，给公司造成了损失。
因为个税是由单位在网上申报时，代个人预缴。到发工资时，在工资里扣除之前单位为个人缴纳的部分。所以一般个税都是单位代个人先代扣代缴。在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按规定办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
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