《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第34条，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。根据以上条例规定，企业发生的合理的工资薪金支出准予扣除，那么不合理的工资薪金支出即不可以扣除。
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用人单位扣除工资是不合理的。有以下情形的，劳动行政部门应责令支付工资和经济补偿，并可以责令支付赔偿金：无故克扣或拖欠工资的；拒不支付延长工作时间工资的；低于当地最低工资标准支付工资的；劳动合同终止后，未依照规定给予劳动者经济补偿的。
解除劳动关系时，用人单位应当一次性付清劳动者的工资。若认为用人单位工资少发的，扣除不合理的劳动者可向劳动保障行政部门（劳动监察大队）投诉，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金，赔偿金标准：应付金额百分之五十以上百分之一百以下。投诉时，应提供本人身份证复印件以及相关拖欠工资的证据。或者向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。申请时应当提交书面仲裁申请书（2份）；证据清单和相应证据材料（2份），证据材料主要有劳动合同，工资银行账单；身份证复印件（1份）。
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