《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第34条，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。根据以上条例规定，企业发生的合理的工资薪金支出准予扣除，那么不合理的工资薪金支出即不可以扣除。
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解除劳动关系时，用人单位应当一次性付清劳动者的工资。若认为用人单位工资少发的，扣除不合理的劳动者可向劳动保障行政部门（劳动监察大队）投诉，由劳动监察大队责令限期支付，逾期不支付的，可以请求加付赔偿金，赔偿金标准：应付金额百分之五十以上百分之一百以下。投诉时，应提供本人身份证复印件以及相关拖欠工资的证据。或者向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。申请时应当提交书面仲裁申请书（2份）；证据清单和相应证据材料（2份），证据材料主要有劳动合同，工资银行账单；身份证复印件（1份）。
公司不可以随便扣员工工资。员工只要为单位工作了，单位就要按合同的约定支付工资。如果员工给公司造成了经济损失，应当进行赔偿。但是每月扣除的赔偿金额，不能超过工资收入百分之二十的比例。剩下的收入不能低于当地每月的最低工资标准。
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